随着我国改革开放的不断深入，自治区扶贫办开始重视同国际间的交流与合作。自1993年至今，分别执行了加拿大大使基金沙湾县贫困乡村改水工程，联合国开发计划署UNDP扶贫小额贷款项目和绿色扶贫项目；世界银行第四期技术合作项目；加拿大开发计划署公共政策选择课题《柯坪县优势特色农牧产品扶贫开发政策研究》；国际农业发展基金IFAD新疆贫困地区农村综合发展项目。

如今，自治区扶贫办所管理的新疆外资扶贫工作的合作领域，从最初与外国政府合作，发展到与联合国机构、国外团体和国际基金组织合作；工作内涵，也从单一扶持贫困户增收，拓宽到关注生态环境建设与促进贫困人口经济发展水平相结合，资源可持续利用方面。